23 июня 1999 года постановлением главы администрации города-курорта Анапа № 721 открыт Морской пограничный лицей.
А 25 октября 1999 года вице-адмирал Г.А. Титаренко вручил директору школы А. В. Баканову знамя школы. Этот день и считается Днём рождения Кадетской школы.